CEA, LITEN,
Laboratoire des systèmes solaires (L2S).
50 av. du Lac Léman,
73375 LE BOURGET DU LAC - CEDEX

 

Collaborations      
Publications


Publications dans des revues internationales
10 Lespinats, S. et Fertil, B. (2011) "ColorPhylo: A colour code to accurately display taxonomic classificationsEvolutionary bioinformatics (sous presse).
9 Lespinats, S. et Aupetit, M. (2011) “CheckViz: Sanity Check and Topological Clues for Linear and Non-Linear Mappings.Computer Graphics forum, 30(1), pp 113-125.
8 Lespinats, S., Grando, D.,  Maréchal, E., Hakimi, M.A., Tenaillon, O., et Bastien, O. (2011) “How phylogenetic inference methods can benefit from Multi Dimensional Scaling evolution.Evolutionary bioinformatics, 7, pp 61-85.
7 Deback, C., Luyt, C.E., Lespinats, S., Depienne, C., Boutolleau, D., Chastre, J., et Agut, H. (2010) “Microsatellite analysis of HSV-1 Isolates: from Oropharynx Reactivation toward Lung Infection in Patients Undergoing Mechanical Ventilation.” Journal of Clinical Virology, 47(4), pp 313-320.
6 Levert, M., Zamfir, O., Clermont, O., Bouvet, O., Lespinats, S., Hipeaux, M.C., Branger, C., Picard, B., Saint Ruff, C., Balliau, T., Zivy, M., Le Nagard, H., Cruvellier, S., Chane-Woon-Ming, B., Phan, K., Ferenci, T., Tenaillon, O. et Denamur, E. (2010) “Molecular and evolutionary bases of within-patient genotypic and phenotypic diversity in Escherichia coli extraintestinal infections.”  PLoS Pathogenes 6(9).
5 Lespinats, S., Fertil, B., Villemain, P. et Hérault, J. (2009) "RankVisu: mapping from neighbourhood network.Neurocomputing, 72(13-15), pp 2964-2978.
4 Lespinats, S., Verleysen, M., Giron, A. et Fertil, B. (2007) “DD-HDS: a tool for visualization and exploration of highdimensional data.” IEEE transactions on Neural Networks, 18(5), pp 1265-1279.
3 Fertil, B., Massin, M., Lespinats, S., Devic, C., Dumee, P. et Giron, A. (2005) “GENSTYLE: exploration and analysis of DNA sequences with genomic signature.” Nucleic Acids Res, Juil 2005 1;33 (Web Server issue):ws12-15.
2 Dufraigne, C., Fertil, B., Lespinats, S., Giron, A. et Deschavanne, P. (2005) “Detection and characterization of horizontal transfers in prokaryotes using genomic signature.” Nucleic Acids Res, Jan 2005 13, 33(1):e6.
1 Bastien, O., Lespinats, S., Roy, S., Metayer, K., Fertil, B., Codani, J.J. et Marechal, E. (2004) “Analysis of the compositional biases in Plasmodium falciparum genome and proteome using Arabidopsis thaliana as a reference.” Gene, 21 Juil 2004, 336(2):163-173.

Publications dans des revues francophones:
3 Müller, N.S., Lespinats, S., Ritschard, G. et  Studer M. (2008) Visualisation et classification des parcours de vie. Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, RNTI, E-11 (vol. II), 499-510..
2 Lespinats, S., Giron, A., Deschavanne, P. et Fertil, B. (2004) “Comparaison des coronavirus par signature génomique : application à l'analyse du SARS.Virologie, avr 2004, 33.
1 Lespinats, S., Deschavanne, P., Giron, A. et Fertil, B. (2003) “L'ADN en tant que texte : style et syntaxe.Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, RNTI, juin 2003, 1, 193-202.

s
Communication en conférences internationales
8 Lespinats, S. et Aupetit, M. (2011) “CheckViz: Sanity Check and Topological Clues for Linear and Non-Linear Mappings.” Eurographics 2011, avril 2011, Llandudno, Royaume uni. Conferencier invité. 
7 Lespinats, S., et Aupetit M. “Mapping without visualizing local default is nonsense.” 18th European Symposium on Artificial Neural Networks, ESANN 2010, avril 2010, Bruges, Belgique.
6 Lespinats, S., Meyer-Baese, A., Steinbrüecker, F., et Schlossbauer, T. “Evaluation and Visual Exploratory Analysis of DCE-MRI Data of Breast Lesions Based on Morphological Features and Novel Dimension Reduction Methods.” International Joint Conference on Neural Networks, IJCNN2009, juin 2009, Atlanta, USA.
5 Lespinats, S., Meyer-Bäse, A., He, H., Marshall, A.G., Conrad, C.A. et Emmett, M.R. "Novel insights into the lipidome of glioblastoma cells based on a combined PLSR and DD-HDS computational analysis." Proceedings of Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers Conference Series, SPIE 2009, Vol. 7347, Avril 2009, Orlando, USA.
4 Meyer-Baese, A., Lespinats, S., Steinbrüecker, F., Saalbach, A., Schlossbauer, T. et Barbu, A. “Visual exploratory analysis of DCE-MRI data in breast cancer based on novel nonlinear dimensional data reduction techniques.” Proceedings of Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers Conference Series, SPIE 2009, Vol. 7343, Avril 2009, Orlando, USA.
3 Lespinats, S.,et Aupetit, M. “False neighbourhoods and tears are the main mapping defaults. How to avoid it? How to exhibit remaining ones?” Quality issues, measures of interestingness and evaluation of data mining models, QIMIE 2009, avril 2009, Bangkok, Thaïlande.
2 Lespinats, S., Grando, D., Sautel, C.F., Hakimi, M.A. et Bastien, O. (2007) “Pointing out complex phylogenic relationships from apicomplexan methytransferase data by Multi Dimensional Scaling.1er Congrès de la Fédération Réaumur du Vivant, octobre 2007. Grenoble, France.
1
Lespinats, S., Giron, A. et Fertil, B. (2005) “Visualisation and exploration of high-dimensional data using a "force directed placement" method: application to the analysis of genomic signature.International Symposium on Applied Stochastic Models and Data Analysis, ASMDA 2005, mai 2005, pp. 230-237.

Communication en conférences nationales
7 Müller, N.S., Lespinats, S., Ritschard, G. et  Studer M. (2008) “Visualisation et classification des parcours de vie.” 8èmes journées francophones Extraction et Gestion des Connaissances, EGC 2008, janvier 2008. Nice, France.
6 Lespinats, S., Fertil, B. et Hérault, J. (2007), "Visualisation de clusters dans les espaces de grande dimension." 14èmes Rencontres de la Société Francophone de classification, SFC07, sep 2007.
5 Lespinats, S. (2007) "Visualisation de données: présentation de DD-HDS et RankVisu." Séminaire du Groupe de Travail sur la Fouille de Données Complexes, GTFDC 2007, juin 2007.
4 Lespinats, S., Guérin, A. et Héraultl, J. (2006) “RankVisu : une représentation de données à partir du réseau de voisinage.Journées PaRI-STIC, nov 2006.
3 Lespinats, S., Giron, A. and Fertil, B. (2005) “Compression et classification de données de grande dimension.12èmes Rencontres de la Société Francophone de classification, SFC05, juin 2005.
2 Lespinats, S., Deschavanne, P., Chapus, C., Giron, A. etd Fertil, B. (2004) “Pertinence des métriques fractionnaires pour l'analyse des données de grande dimension (signatures génomiques).Premier atelier sur la fouille de données complexes dans un processus d'extraction des connaissances, EGC 2004, jan 2004, pp. 135-142.
1 Lespinats, S., Deschavanne, P., Giron, A. et Fertil, B. (2003) “L'ADN en tant que texte : style et syntaxe.” PROC XXXV Journées De Statistiques, JDS03, juin 2003, pp. 651-654.

Bevets
7 Lespinats, S., Aupetit, M. “Méthode pour évaluer la classe d'une données test dans un espace de données de grande dimension.” (soumis à l'INPI en octobre 2009).
6 Aupetit, M., Lespinats, S. “Méthode pour évaluer la ressemblance d'un objet requête à des objets de réference.” (soumis à l'INPI en octobre 2009).

Résumés sélectionnés en poster
6 Lespinats, S., Cugnet, F., Guillou, H. et Le Pivert X. (2011) "How Much PV Energy Will I Produce Tomorrow? A Forecasting Tool Which Fits the Future Conditions on the French Electricity Market", 26th European Photovoltaic Solar Energy Conference and Exhibition, PV SEC, 6CV.1.35. sept 2011.
5 Devic, C., Lespinats, S., Giron, A. et Fertil, B. (2006) “Détection et segmentation des zones atypiques du génome.7èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, JOBIM 2006, juil 2006.
4 Lespinats, S., Devic, C., Massin, M., Dumee, P., Giron, A. et Fertil, B. (2005) “Un exemple d'utilisation de GENSTYLE : Etude de la signature génomique du SARS.6èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, JOBIM 2005, juin 2005.
3 Lespinats, S., Deschavanne, P., Giron, A. et Fertil, B. (2004) “Propriétés de la signature génomique mises en valeur à l'aide de métriques fractionnaires.5èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, JOBIM 2004, juin 2004. JO-34.
2 Lespinats, S., Deschavanne, P., Giron, A. etd Fertil, B. (2003) “DNA sequences share a common syntax.European Conference on Computational Biology, ECCB 2003, sep 2003, pp. 533-534.
1 Lespinats, S., Giron, A., Deschavanne, P. et Fertil, B. (2003) “Genomic Signature : Deciphering the style of DNA.Journées de Post Génomique de la DOUA, JPDG03, mai 2003.

Documents académiques
2 Lespinats, S. (2006) "Style du génome exploré par analyse textuelle de l’ADN." Ph.D. these (biomathématique). 
1 Lespinats, S. (2002) "Signature génomique: Recherche de séquences d’intérêt biologique dans le génome." mémoire de DEA (master 2) (biomathématique).