CEA, LITEN,
Laboratoire des systèmes solaires (L2S).
50 av. du Lac Léman,
73375 LE BOURGET DU LAC - CEDEX

 

Lespinats, S., Devic, C., Massin, M., Dumee, P., Giron, A. and Fertil, B. (2005) “Un exemple d'utilisation de GENSTYLE : Etude de la signature génomique du SARS.” 6èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, JOBIM 2005, 2005 jun.

Abstract :
GENSTYLE (http://Genstyle.imed.jussieu.fr) est un ensemble d’outils disponible sur le web destiné à la caractérisation et la classification de séquences d’ADN à partir de leur signature génomique (l’ensemble des fréquences d’oligonucléotides). Les signatures génomiques caractérisent le « style d’écriture » des espèces. Leur comparaison permet, par exemple, de détecter des segments originaux dans l’ADN, de construire des arbres phylogénétiques à partir de segments d’ADN, de contrôler la qualité d’un séquençage, etc…
Une base de données indexant l’ensemble des séquences de GENBANK organisées par espèce est associée à GENSTYLE (GENSTYLE Companion Database). Ainsi, il est à la fois possible d’étudier et comparer des séquences importées par l’utilisateur et des séquences déjà connues.
Pour illustrer les possibilités de GENSTYLE, nous nous proposons d’étudier le cas de la séquence génomique du SRAS (virus responsable du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère). La question sous-jacente à ce travail est : quelle est l’origine de ce virus ?

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